A svájci Ingenbohlban alapított Szent Keresztről Nevezett Irgalmas Nővérek 1865-ben telepedtek meg Magyarországon. 1901-ben a Budapesttől mintegy 30 kilométerre levő Zsámbék községben létrehozták első magyar noviciátusukat.

A falu tulajdonában lévő romos, de nagy várkastélyt 1904-ben a község képviselő-testülete iskolai célokra átengedte az apácarendnek. A rend vállalta a romos épület helyrehozását, valamint magyar tannyelvű, római katolikus négy leányosztály és két kisdedóvó létrehozását. A polgári leányiskola 1905-ben nyitotta meg kapuját. A Nővérek 1921-től 1925-ig fiú polgári iskolát is működtettek, annak megszüntetetését követően pedig felsőbb háztartási leányiskolát nyitottak. Ez „a lépcsősen egymásra épülő oktatási rendszer” 1929-ben a tanítóképző intézet megnyitásával teljesedett ki.

A Nővérek a barokk stílusú volt Zichy-kastélyban az ország egyik legjobban felszerelt, legmodernebb intézményét alakították ki. A romos épületegyüttest nemcsak helyrehozták és átalakították, hanem új épületszárnyakat és emeleteket építettek, újabb épületeket, kertet, parkot, tavat, földet vásároltak.
Az első képesítőket 1934-ben adták át, s 1948-ig mintegy 900 növendék kapott tanítónői oklevelet.
1938–39-ben a Nővérek leánylíceumot nyitottak, és a községtől megvásárolt újabb földterületen játszóteret és teniszpályát létesítettek.

1948. június 30-án a XXXI. törvénycikk alapján a tanítónőképző intézetet és leánylíceumot államosították. A beiratkozásokat ugyan még megtartották, ám szeptemberben ez az iskolatípus itt már nem kezdhette meg működését. A felszerelést a budapesti Cukor utcai Pedagógiai Főiskola és a cinkotai Állami Tanítóképző Intézet kapta meg.

1948-ban tehát megszakadt Zsámbékon a tanítóképzés folyamata. Helyén a Földművelődésügyi Minisztérium 1949-ben Mezőgazdasági Akadémiát létesített, amely 1950-ben Gödöllőre költözött. 1951-től termelőszövetkezeti vezetőképző, 1962-től Felsőfokú Mezőgazdasági Technikum, 1971-től pedig a Gödöllői Agrártudományi Egyetem Mezőgazdasági Üzemmérnöki Kara működött az épületben.
Az Oktatási Minisztérium a Pest megyében évek óta tapasztalható pedagógushiány enyhítésére 1977 szeptemberében engedélyezte, hogy Zsámbékon az Esztergomi Tanítóképző Főiskolának kihelyezett tagozata létesüljön. A tanítóképzés az 1948-as megszüntetés után 29 évvel megváltozott feltételekkel, immár főiskolai szinten indult újra az egykori kastélyban.

Az első tanévben 78 hallgatóval, 10 oktatóval kezdődött meg az oktatás. 1979-től megindult a tudományos diákköri munka. Kezdetben a Neveléstudományi, a Nyelvi-irodalmi, valamint a Közművelődési, később további tanszékek irányításával egyre sikeresebben kapcsolódtak be a hallgatók az országos megmérettetésbe. Megkezdődött a nyelvi és oktatástechnikai szaktantermek kialakítása, a diákotthon kollégiumi rangra emelkedett. Felépült a község új, 16 tantermes iskolája, amely korszerű feltételeket tudott biztosítani a gyakorlati képzéshez.

Mindezek hozzájárultak ahhoz, hogy 1983. szeptember 1-jétől az MNK ET 1983. évi 20. számú törvényerejű rendelete alapján az intézmény Zsámbéki Tanítóképző Főiskola néven önálló főiskolaként folytathatta működését. A rendeletben meghatározott intézményi feladata általános iskolai tanítók és óvónők képzése volt. A főiskola vezetésével Hargitai Károlyt bízták meg. A tanítóképzés mellett 1983-tól új szakként, kezdetben két évfolyamon felsőfokú óvónőképzés indult.

A főiskola történetének harmadik korszaka 1993. július 1-jével kezdődött. A rendszerváltást követően az intézményt visszavette a Katolikus Egyház. Az ingatlanokat visszakapták a korábbi tulajdonosok, a Keresztes Nővérek, a működtetést pedig a Székesfehérvári Egyházmegye vállalta magára. A továbbra is állami feladatokat ellátó, államilag elismert diplomát kiadó Zsámbéki Katolikus Tanítóképző Főiskola nyitott maradt minden jelentkező számára, aki a főiskola szellemiségét tiszteletben tartotta, ám szerkezeti, tartalmi és képzési szempontból átalakult. 1992 és 1994 között a korábbi hét tanszék mellé öt újabb jött létre: a Teológia Tanszék, az Idegen Nyelvi Tanszék, a Romológia Tanszék (dr. Bencze Lóránt főigazgató javaslatára, a Művelődési és Közoktatási Minisztérium támogatásával az országban elsőként 1994 szeptemberében), a Közgazdaság-, Pénzügy- és Jogpedagógiai Tanszék és a Drámapedagógia Tanszék.

A főiskola a Zsámbéki modellben megfogalmazott „több lábon állást” leginkább a kétszakos képzések bevezetésével biztosította. A hallgatók a tanító szak mellé hitoktató, illetve kántor, az óvodapedagógusok pedig hitoktató szakot is felvehettek. A négyéves tanítóképzés bevezetésével 1995-től megindult az új rendszerű képzés, amelynek országos kidolgozásában – a német, valamint az informatika műveltségi terület tantervének kidolgozását irányítva – a főiskola jelentős részt vállalt. A családi, a háztartási, a gazdasági ismeretek, valamint a technika kivételével valamennyi műveltségi területen indított képzést. Ekkorra az intézmény hallgatói létszáma a tanító és az óvodapedagógus szak mellett újonnan indított szociálpedagógus szakkal, a hitéleti szakokkal, valamint a posztgraduális képzésekben részt vevőkkel megközelítette az ezer főt.

A főiskolán az 1994/95. tanévig – a korábbi levelező tagozatos tanítóképzés megszüntetése óta – csupán nappali tagozaton folyt tanítóképzés. A képzés szakmai feltételeinek újragondolásával kézenfekvőnek látszott a levelező tagozatos tanítóképzés sajátos arculatú újraélesztése. Az egyházi főhatóság jóváhagyásával 1994-től az intézmény – az ország tanítóképzői között elsőként – évente 80-100 fő számára kínált újra lehetőséget arra, hogy a főiskolán levelező tagozaton pedagógusdiplomát szerezzen. 1997 és 2001 között a sepsiszentgyörgyi tanító szakos hallgatók képzésére is sor került.

A tanítóképzés növekvő hallgatói létszáma megkövetelte a gyakorlati képzés rendszerének folyamatos fejlesztését. A Főiskolai Tanács – élve az 1993. évi LXXIX. törvényben biztosított jogával – az 1993. január 5-i határozatával saját gyakorlóiskola alapításáról döntött. A gyakorlóiskola első évfolyamán 1995. szeptember 1-jén kezdődött meg az oktatás a főiskola épületében, korlátozott kapacitással. 1997–1998-ban a főiskola gyakorlóiskolájává vált a budapesti Patrona Hungariae Általános Iskola és Gimnázium, illetve az érdi Marianum Általános Iskola 1–6. osztálya is.

Az 1990-es évek közepétől a tanítóképzés mellett egyre jelentősebb szerepet töltött be az óvodapedagógus-képzés. 1994-ben óvónői szakközépiskolát végzettek részére levelező tagozatos képzés nyílt, a következő tanévben pedig a Fejér Megyei Pedagógiai Intézettel együttműködve Konzultációs és vizsgaközpontot hoztak létre Székesfehérváron.

Az óvodapedagógus szak gondozását hosszú időn keresztül a Neveléstudományi Tanszék végezte. Ebben a munkában különösen nagy hangsúly esett a gyakorlati képzés fejlesztésére. Egyre égetőbbé vált saját gyakorlóóvoda létrehozása, hiszen a község óvodája már nem tudta vállalni a megnövekedett feladatok ellátását. Erre azonban – a budapesti Szondi Utcai Terézvárosi Óvoda átvételével – csak 2001-ben kerülhetett sor. Az addig eltelt időszakban külső gyakorlóhelyként a főváros több óvodája biztosította hallgatóink szakmai gyakorlati felkészítését.

2000-ben az intézmény felvette Apor Vilmos püspök nevét.

A főiskola történetében 2003 augusztusában drámai fordulat következett be. Az épület tetőfedési munkálatai során a tetőszerkezet kigyulladt, és több mint 50%-a leégett. A tűzeset következményeként az alsóbb szintek is jelentősen megrongálódtak. Az újjáépítés során olyan mértékű rejtett statikai hibákra bukkantak, amelyek miatt további épületrészek estek ki az oktatásból. Az épület teljes helyrehozatala több évre szóló renoválási munkát igényelt. Ilyen körülmények között a főiskola Zsámbékon tovább nem volt működtethető.

A Székesfehérvári Egyházmegye a Magyar Püspöki Karhoz fordult segítségért. A döntés alapján a főiskola Vácra költözött, ahol megfelelő kapacitású épületek álltak rendelkezésre. Vácott a volt papnevelő intézet épületén kívül megkapta a korábbi gimnáziumi épületet (ma Szent Miklós épület), a Honvéd utcában található korábbi egyházi középiskolai kollégium épületét (ma Szent József épület) és az Egyházmegyével közös használatba kapta a Galamb utcai nagyelőadót.

2004. szeptember 1-jén, a megelőző legszükségesebb építészeti munkálatok után, az oktatás a váci egyházmegye irányításával, dr. Beer Miklós püspök atya támogatásával, teljes kapacitással megindulhatott.

Az átköltözést követően új gyakorlóhelyek kialakítása vált szükségessé. A budapesti Patrona Hungariae Gyakorló Általános Iskola megtartása mellett a szakmai gyakorlatok vezetését a váci Karolina Katolikus Általános Iskola látta el. Az óvodapedagógus szak létszáma látványosan növekedett, ezért a feladatok ellátására a budapesti gyakorlóóvoda mellé évről évre újabb váci és fővárosi külső óvodák bevonására volt szükség.

A többi felsőfokú intézményhez hasonlóan a Bolognai folyamat során az Apor Vilmos Katolikus Főiskola is áttért a BA és MA képzésekre. A tanító és az óvodapedagógus szakok mellett szociálpedagógia, katekéta-lelkipásztori munkatárs és hittanár-nevelő szakokkal bővült a képzési kínálat.